เมืองไซอันของมนุษย์ปกป้องตัวเองจากการรุกรานของเครื่องจักรจำนวนมาก ขณะที่นีโอต่อสู้เพื่อยุติสงครามที่แนวรบอื่น ขณะเดียวกันก็ต่อต้านเอเจนต์สมิธผู้ทรยศด้วย
